خبرگزاری آفتاب - لیلا باران چشمه : خطر قطع اینترنت ایران بوسیله‌ی آمریکا یک خطر جدی است و اگر آمریکا این کار را انجام دهد، در عرض یک روز مخابرات ایران دچار مشکلات جدی خواهد شد و کلیه‌ی سیستم‌های مخابراتی، سرویس VOIP، سرویس تلفن همراه و سرویس اینترنتی دانشگاه‌ها و مراکز آموزشی، اطلاعات فرودگاه از کار می‌افتد.   خسرو مترجمی، مدیر شبکه‌ی آموزشی ITC، در آمریکا در گفتگوی اختصاصی با خبرنگار آفتاب، ضمن بیان این مطلب افزود : کاری که آمریکا می‌خواهد انجام دهد، از یک بمب اتم مخرب‌تر است و هیچ خرجی برای آمریکا ندارد.   به گفته‌ی وی، از نظر آمریکا اینترنت متعلق به وزارت دفاع آمریکا است و آمریکا پلیس اینترنت است و تشخیص داده که ایران شایستگی ندارد، بنابراین اینترنت ایران را قطع می‌کند.   مترجمی که خود مدیر یک شبکه آموزشی فارسی زبان ITدر آمریکا است با اشاه به اجلاس WSISکه در تونس برگزار شد، تصریح کرد : در اجلاس تونس بیشتر بحث بر سر تبعیض حاکمیت اینترنت بود و اینکه تنها یک کشور نباید رهبریت اینترنت را داشته باشد، بلکه این حاکمیت و رهبری باید از طریق یک شورا بر شبکه‌ی اینترنت اعمال شود، اما هیچ توجهی به مساله‌ی مهم احتمال جدی قطع اینترنت ایران از طرف آمریکا نشد.   وی خاطرنشان کرد : ما باید هرچه زودتر افکار عمومی مردم آمریکا را نسبت به تصمیم دولت آمریکا روشن کنیم به دلیل اینکه مردم آمریکا حق آموزش را برای کلیه مردم جهان الزامی می‌دانند و شبکه‌ی اینترنت نیز یک شبکه‌ی آموزشی است و باید نظرشان را درباره‌ی عمل کشورشان مبنی بر قطع اینترنت ایران و محروم کردن میلیون‌ها جوان ایرانی از حق آموزش، فقط به دلایل سیاسی جویا شویم.   ممنوعیت ارسال ایمیل های ایرانی به یاهو ICT Center- شرکت عظیم یاهو در اقدامی انتحاری، اقدام به مسدود کردن IPهای کاربران ایرانی برای ارسال ایمیل های SMTPنمود. در این اقدام که در جهت جلوگیری از بمباران‌های ایمیلی (Mail Bomb) یا ایمیل‌های جعلی (Fake Mail) صورت گرفته، SMTP Serverِ یاهو در اولین قدم فرستادن ایمیل، آدرسIPفرستنده‌ی میل را چک می‌کند تا اگر در محدوده‌ی (Range) خاصی بود، از ارسال ایمیل جلوگیری شود.   این امر به احتمال زیاد به دلیل محبوبیت و کاربرد بیش از حد برنامه‌های مخرب یاهو، مانند FakeMailer و MailBomberدر ایران صورت گرفته و کشور ایران در ارسال ایمیل‌های مستقیم به وسیله‌ی SMTPمسدود شده است. البته این بدین معنا نیست که دیگر نمی‌توان از ایران ایمیل یاهو فرستاد.   با استفاده از سیستم WebMailیاهو http://mail.yahoo.comهمچنان امکان ارسال ایمیل وجود دارد. (البته امیدواریم این نیز در آینده مسدود نشود)   جاوا هم در ایران مسدود شد شرکت سان میکروسیستمز تولید کننده‌ی نرم افزار جاوا Javaاخیرا در اقدامی تحریمی، در سلسله اقدامات محدود کننده‌ی ایالات متحده‌ی آمریکا علیه ایران، دریافت جدیدترین نسخه‌ی جاوا را برای ایران مسدود کرد.   به گزارش سایت www.ict-center. ir، این عمل از طریق چک کردن آدرس IPصورت گرفته و در صورتی که آدرس IPشخص دانلود کننده از ایران باشد، به او اجازه‌ی دانلود داده نشده و پیغام خطای HTTP 403 Forbiddenداده می‌شود. در واقع مانند مک آفی به طور صریح اعلام نمی‌کند که شما چون در کشور خاصی هستید حق دانلود ندارید و ... .   گوگل و یاهو تا 6 ماه دیگر سرویس‌های خود را در ایران قطع خواهند کرد دو شرکت عظیم بین المللی یاهو و گوگل که نیمی از اینترنت را تحت سلطه دارند، تا 6 ماه دیگر ارائه‌ی سرویس‌های خود را در ایران قطع خواهند کرد. به گزارش سایت www.ict-center. ir، خسرو مترجمی مدیرعامل شبکه‌ی تلویزیونی ITCآمریکا در گفت و گو با نشریه‌ی عصر ارتباط گفت : در مصاحبه‌ای که با یاهو و گوگل داشتم، مطلع شدم که این دو شرکت تهدید شده‌اند تا ارتباطات خود را تا شش ماه آینده در ایران قطع کنند.   وی همچنین در بخش دیگری از مصاحبه‌اش افزود : به هر حال موضوع بحث اجلاس WSISنیز همین راهبری مطلق است که در دست آمریکایی‌هاست. آن‌ها می‌گویند: "اینترنت حق نیست، بلکه امتیازی است که ما به بقیه می‌دهیم".   *** بدیهی است در صورتی که این دو شرکت بخواهند سرویس‌های خود را برای ایران مسدود کنند، عملا اینترنت کاربرد خود را در ایران از دست خواهد داد. زیرا بیشتر کاربران اینترنت ایران به چت کردن مشغول هستند !! و یاهو بهترین شرکتی است که خدمات مسنجر را ارائه می‌کند. البته MSN Messengerمی‌تواند تا حدی جای یاهومسنجر را پر کند، اما هرگز به پای آن نمی‌رسد !   و همچنین گوگل: با بسته شدن گوگل دیگر امکان جستجو در اینترنت نیز برای ایران از بین خواهد رفت. البته موتورهای جستجوی دیگری به جز گوگل نیز وجود دارند، اما هیچکدام از لحاظ امکانات و کیفیت به پای گوگل نخواهند   لطفا نظرات خود را در وبلاگ مطرح كنيد

توجه         ويروس خطرناك oslando                                                                               

این مطلب توسط دوست من آقای  دکتر مهدی بهلولی  برای من فرستاده شد و من آن را برای اطلاع درون وبلاگ قرار می دهم.

http://www.tabesh.net/?artid=408

دیروز از طرف کمپانی McAfee AntiVirus ویروس بسیار خطرناکی شناسایی و در سایتش اعلام شده که تاکنون در عرض فقط و فقط 1 روز طبق گفته مسئولین این شرکت بیش از 10 هزار نفر آلوده به این ویروس شدن و تمام اطلاعاتی که روی درایو C اونها بوده به کلی نابود شده.

نام این ویروس : oslando

نوع عملیات تخریبی : سخت افزاری

روش تخریب : این ویروس با جای نشین کردن یک خط کد در فایل kernell داخل پوشه system باعث تخریب سکتور "zero" هارد کامپیوتر شما میشود و بعد از اولین خاموش روشن کردن sector های درایو C محلی که ویندوز شما در آن نصب است را burn میکند (شدت این عمل از format کردن هم جدی تر است به طوری که طبق گفته مک آفی این ویروس توسط cia جهت نابود سازیه کامل اطلاعات hard disk استفاده میشده و اصلا قابل بازیابی نمی باشد)

چگونه به این ویروس آلوده میشویم : بسیار ساده , دقیقا همینطوری کامپیوتر من به این ویروس آلوده شد , " با باز کردن یک نامه مشکوک و دانلود فایل موجود در اون نامه " که بدیش اینه که از طرف دوستتان برای شما ارسال میشود بدون اینکه او در جریان باشد (مثل ارسال pm های آلوده به ویروس در yahoo messenger که از طرف فرد آلوده به ویروس برای قربانی ارسال میشود)

اطلاعات بیشتر در مورد این ویروس که همونطوری که میبینین مورد تایید سایت YAHOO هم قرار گرفته رو حتما مشاهده کنین , راه های پاکسازی (قبل از restart کردن ) و پیشگیری (و تست آلودگی/عدم آلودگی) به این ویروس همه به طور کامل تشریح شده :

 http://www.yahoo. com/story. virus%pOSLANDO? t=13294053idbfg

روش های جلوگیری از آلودگی به این ویروس :

1- طی چند روزه آینده هیچ فایل پیوست شده یا هیچ ایمیلی را تحت عنوان postcard باز نکنید. حتی اگر این نامه از طرف دوستتان برای شما ارسال شده باشد.

2- همین حالا با forward این نامه به دوستانتان کامپیوتر آنها را از یک مشکل خیلی جدی نجات دهید. 20 بار دریافت کردن این نامه بهتر از آلودگی دوستتان به این ویروس است در حالی که شما میدانستید ولی دریغ کردید و به او نگفتید.

ویروس فوق حتی توسط خبرگزاری CNN به عنوان مخرب ترین ویروس کامپیوتری اعلام شده.

این ویروس دیروز توسط کمپانی McAfee شناسایی شد و تا کنون راهی جهت repair آن پیدا نشده است.

----------------------------------------------------------
Mahdi Bohlouli
PhD Student in Computer Science
Institute For Informatics
University of Potsdam
Room 2.19 - House 4
August-Bebel-Street 89
14482 Potsdam - Germany
http://www.cs.uni-potsdam.de/~bohlouli/

مقاله / عالم پیر، گرید جوان‌ - Grid Computing و بزرگ‌ترین ماشینهای علمی‌ ساخت بشر

سیستمهای بی درنگ معمولاً به عنوان یک کنترل کننده در یک کاربرد خاص استفاده می‌شوند. سیستم در این حالت می‌بایست در زمانی مشخص و معین حتماً جواب مورد نظر را بدهد .
سیستمهای کنترل صنعتی, پزشکی, کنترل موشک و غیره از این دسته‌اند.
در سیستمهای بی درنگ زمان پاسخ باید سریع و تضمین شده باشد ولی در سیستم اشتراک زمانی مطلوبست که زمان پاسخ سریع باشند (ولی اجباری نیست). در سیستم دسته‌ای هیچ محدودیت زمانی در نظر گرفته نمی‌شود.

در سیستمهای بی درنگ معمولاً وسایل ذخیره سازی ثانویه وجود ندارد و به جای آن از حافظه ‌های ROM استفاده می‌شود. سیستم عاملهای پیشرفته نیز در این سیستمها وجود ندارند چرا که سیستم عامل کاربر را از سخت افزار جدا می‌کند و این جدا سازی باعث عدم قطعیت در زمان پاسخگویی می‌شود.

سیستمهای بی درنگ با سیستمهای اشتراک زمانی تناقض دارند لذا نمی‌توانند هر دو توأماً وجود داشته باشند. به دلیل نیاز به پاسخ دهی سریع و تضمین شده سیستم‌های بلادرنگ از حافظه مجازی و اشتراک زمانی استفاده نمی‌کنند.
به این سیستم‌ها «بی درنگ سخت» نیز گفته می‌شود.
در سیستمهای «بی درنگ نرم» یک وظیفه بی درنگ بحرانی, نسبت به سایر وظایف اولیت دارد و تا پایان تکمیل شدنش این ارجحیت را دارا خواهد بود. از آنجا که این سیستمها مهلت زمانی (deadline) را پشتیبانی نمی‌کنند استفاده آنها در کنترل صنعتی ریسک آور است. هر چند که این سیستمهای بی درنگ نرم می‌بایست پاسخی سریع داشته باشند ولی مساله پاسخ دهی به حادی سیستمهای بی درنگ سخت نمی‌باشد.
از کاربردهای سیستم بی درنگ نرم می‌توان رزرواسیون شرکتهای هواپیمایی, چند رسانه‌ای (multimedia) واقعیت مجازی (Virtual reality) را نام برد. این سیستمها به ویژگی‌های سیستم عاملهای پیشرفته (که توسط بیدرنگ سخت حمایت نمی‌شوند) نیازمندند. بعضی از نسخه‌های UNIX مانند solaris 2 خاصیت بیدرنگ نرم را دارا می‌باشند.

در برخی کاربردها (مثل کنترل صنعتی) در کامپیوترها از سیستم عامل استفاده نمی‌شود. از آنجا که در سیستمهای کنترل صنعتی برنامه می‌بایست در اسرع وقت در مقابل یک اتفاق, از خود عکس العمل نشان دهد, وجود واسطه سیستم عامل باعث کند شدن مراحل می‌گردد.

منبع : سايت رشد

آی.بی.ام : نرم افزار کلاسترینگ در یک سی دی

Craft a load-balancing cluster with ClusterKnoppix

روشهای استفاده از كامپيوتر با كارآيی بالا

نويسنده: Salvator Salamone
Bio-IT World
مترجم: شراره حداد

فرامينگهام- يكی از رشته های متداولی كه همه سازمانهای bio-IT را به يكديگر متصل می كند از صاحبان صنايع بزرگ گرفته تا بخشهای آموزشی، ضرورت وجود يك نيروی كامپيوتری قوی است. ولی بهترين راه استفاده از كامپيوتر با كارآيی بالا (HPC- High Performance Computing) در پاسخگويی به تقاضای افراد برای متراكم سازی داده چيست؟

پاسخ كوتاه: يك راه حل HPC تنها و ايده آل منحصر به فرد وجود ندارد. در حقيقت اكثر شركتهايی كه در زمينه علوم طبيعی كار می كنند به مجموعه ای از تكنولوژی های HPC جهت برآورده كردن نيازهای گوناگون كامپيوتری خود تكيه می كنند.

Bi0-IT World در اين گزارش ويژه خود گروهی از بهترين كاربردهای HPC را معرفی می كند كه نه جز 10 ليست برتر می باشد و نه يك ليست جامع و كلی با مجموعه ای از سيستمهای پرقدرت مثل مجموعه قوی Virginia Tech كه بعنوان سومين ابر قدرت جهان در ليست (Top 500 Supercomputer sites (www.top500.org  لقب گرفته است.

بلكه آنچه در اينجا معرفی می كنيم نمونه ای از چند روش cutting-edge است. می توان بوسيله آنها از HPC در مشكلات علم طبيعی استفاده نمود. هدف، نمايش وسعت برنامه های كاربردی است كه تحت حمايت پشتيبانی گروهها، شبكه ها و سخت افزار تخصصی امروزی هستند.

ذكر بعضی از مراحل و روندهای HPC حائز اهميت است. ابتدا انتقال از پردازنده های 64 بيتی اختصاصی مبتنی بر RISC به پردازنده های 64 بيتی ثابت است. اكثر فروشندگان اكنون از چيپ های Power PC شركت آی بی ام و اپل كامپيوتر، Opteron شركت  Advanced Micro Devices و ايتانيوم  46 بيتی شركت اينتل به عنوان پايه و اساس سيستمهای خود استفاده می‌كنند.

بعضی از فروشندگان مثل شركت Silicon Graphics و OctiyaBay (كه نام آن از شركت Cray گرفته شده)، پردازنده های ثابت را با تكنولوژی حافظه مشترك وسيعی به منظور توليد سيستمهايی كه رقيب دستگاههای  RISC اختصاصی هستند، همراه می كنند.

يك مرحله مهم ديگر، اعتماد روز افزون به اين گروهها است، در آخرين ليست Top 500 (در اواخر ماه نوامبر عرضه شد)، گروهها برای 7 نوع از 10 ابر كامپيوتر برتر و 208 نوع از 500 نوع برتر ليست، تشكيل شدند. در اصل همه فروشندگان سيستمهای قديمی از جمله آی بی ام، هيولت پاكارد و دل همگی يك مجموعه برنامه را معرفی می كنند ولی شركتهای كوچكتری مثلLinux Netware ، RLX Technoogices و Microwey بعضی از سيستمهای قوی را به سازمانهای علوم طبيعی واگذار كرده است.

در نتيجه، كاربرد كامپيوتر به صورت توزيعی رو به افزايش است. بسياری از پياده سازيهای علم طبيعی تاكنون در حد تلاشهای مهم سازمانی يا آكادميك (مثل TeraGrid موسسه National Science) بوده است ولی بعضی از شركتها همچون Novartis در حال بررسی و انتخاب قابليتهای شبكه مبتنی بر كامپيوتر در چهارديواری خود هستند.

مثالهای بيشتر

هزاران راه

Jack Collinx مدير شركت علمی كامپيوتر در NCI می گويد، يكی از مهمترين مشكلاتی كه ما با آن مواجه هستيم مقدار داده دريافتی است كه بايد آنرا پردازش و ذخيره نموده و سپس انرا توضيح داده و درك كنيم. برای كنترل اعمالی مثل شبيه سازی مولكولی و فعل وانفعالات كامپيوتری، مركز كامپيوتری پيشرفته بيومديكال NCI يك SGI Origin و هشت سرور SGI Origin 36 و يك سرور Sun Enterprise 5700 و يك سرور Sun 7880 Sunfire و 8 سيستم Sun Netra T1 و يك مجموعه مبتنی بر Xeone اينتل و AMD Athlon گسترده را ضميمه می كند.

كار آخر هفته

شركت بيومارمای diaDexus سال گذشته از يك سيستم اختصاصی مولتی پروسسور (چند پردازنده ای) مبتنی بر RISC به يك سيستم Linux NetworX Evocity ll (سی و دو پردازنده ای) با 16 گره رو آورد. اين سيستم برای اجرای برنامه های انفورماتيك استفاده می شد، بنابراين diaDexus می تواند DNA  در غير پروتئين را تحليل و نشانه های بيماری را بيابد.

Tim Burcham مدير اصلی قسمت بيو انفورماتيك در شركت diaDexus می گويد، آنچه تاكنون ظرف دو هفته انجام می شود اكنون در يك روز انجام می شود. ما می توانيم جمعه شب را در خانه سپری كرده و كار تحليل صبح روز دو شنبه تكميل می شود.

يك دليل مهم برای انتخاب روش گروهی، حالت پيمانه ای آن بود. Burcham می گويد می تواند 16 گره ديگر را نيز ط‍ی يك سال به سيستم اضافه كند و از اصلاحات موجود در نيروی پردازش بهره مند گردد.

2000 گره نيرو

دانشگاه Buffalo قسمتی از دانشگاه ايالتی شهر نيويورك از يك مجموعه دارای 2000 گره استفاده می كند كه از سرورهای Dell Power Edge  تشكيل شده است. اين مجموعه برای تشكيل يك زنجير و توسعه مدلهای مولكولی پروتئينها در برنامه های بيولوژيكی استفاده می شود. اين مجموعه در حال حاضر با عملكرد مشخص بيش از دو treaFLOPs ‌در رده سنی و هشتمين ابر كامپيوتر دنيا قرار گرفته است.

شبيه سازی اتمی

تحقيق برای كشف داروی تحت مكانيسم در BioNumerik Pharmaceuticals كمتر به تكنيكهای شبيه سازی سنتی (مثل شبيه سازيهای Monte Carlo) و بيشتر به محاسبات واكنشها و روابط اتمی تكيه می كند. اين شركت دو ابر كامپيوتر Croy SV1 را مثل سرورهای شركت SGI‌  و سان ميكروسيستمز برمی گزيند.

امكان دسترسی بالا همراه با ظرفيت پذيرش و كارايی بالا

وقتی اين مسئله در علوم طبيعی HPC مطرح می شود همه تمركز روی اسب بخار جديد و مقدماتی قرار می گيرد ولی اين فقط قسمتی از قضيه است.

در MWQ Biotech آلمان، محققان به دنبال سيستمهايی با ظرفيت پذيرش و قابليت اطمينان بالا می گردند. اين شركت يك دستگاه بازرگانی را به اجرا در می آورد كه Oligo های اختصاصی را برای برنامه های كاربردی كوچك و تخصصی طراحی می كند و دستگاه ديگر يك سرويس تجارت الكترونيكی را ارائه می نمايد كه كار تحليل ارنومها و سلسله مراتب آن را انجام می دهد. هر دو دستگاه به يك نيروی پردازش و زمان انجام كار سريع نياز دارند.

MWQ به سيستمهای تطابق ژن و Blast Machine محصول Paracel تكيه می كند. به منظور اطلاع از سرويسهای بيوانفورماتيك آن كه شامل توضيح كروموزومها و طرح مقدماتی می باشد.

اين سيستمها پردازنده های با كارآيی بالا را با سخت افزار تهيه شده ای همراه می‌كند كه اجرای برنامه های كاربردی مثل BLAST‌ و Genewise را سرعت می بخشد.

MWG در بسياری از موارد، برنامه های Smith-Waterman و BLAST را اجرا می كند كه اينكار روی بسياری از مجموعه ها چندين هفته طول می كشد ولی مشتريانی كه نمونه هايی را برای تحليل عرضه می كنند بدنبال نتايجی در فاصله زمانی كوتاهتر هستند.

David Brett رهبر گروه بيو انفورماتيك MWG می گويد، ما بايد اين برنامه ها را ظرف 2 تا 3 ساعت اجرا كنيم نه ط‍ی چند هفته.

علاوه بر زمان انجام كار سريع، Brett از امكان دسترسی به اين سيستم نگران است. او می گويد، اين سيستم بايد بطور 24 ساعته در دسترس باشد و ما سيستم ارزانی را نمی خواهيم كه امكان Crash داشته باشد. مشتريان از آن روبرگردان می شوند.

علاوه بر برنامه های BLAST و MWQ، Smith-Waterman در جستجوی دامين های پروتئينی است كه به سيستمی نياز دارد كه الگوريتمهای يابنده الگو، Profiler و HMM  را اجرا كند. برای مثال در مطالعه توضيحات ژنوم باكتريال، بسياری از ژنها نمی توانند يك رقابت يكسان قوی را ايجاد كنند بنابراين BLAST چندان هم مناسب نمی باشد.

سيستمهای Paracel نيازهای كامپيوتری را در حد وسيعی برای كار طراحی MWQ, Oligo پشتيبانی می نمايد. اين شركت از نرم افزاری به نام Oligos4 Array و يك پايگاه داده اختصاصی و مناسب به نام Code Seq استفاده می‌كند. برای تمامی ژنهای مورد نظر، چندين مرحله آزمايشی 50mer در نظر گرفته شده كه از معياری مثل محتوای تعريف شده بر مبنای GC پيروی می كند. به منظور جلوگيری از هر نوع Cross-hybridization اين Oligo‌ها در مقابل پايگاه داده BLASTed, Codeseq شده اند. در حين كنترل با استفاده از برنامه smith-waterman و برایحذف طرحهای دلخواه فرعی صورت می گيرد.

نتيجه اين محاسبات در طراحی آرايه های كوچك اختصاصی و در زمان سريعی بكار می رود و با وجود اينكه اين مجموعه كامل و كافی می باشد ولی تقاضای مشتری تنها توانسته ضرورت وجود MWQ را در استفاده از يك سيستم بهينه و يكپارچه ای تقويت كند كه برای اجرای الگوريتمهای بيوانفورماتيك طراحی شده است.

خريد گيگاهرتز در هر ساعت

انجمن ديابت آمريكا با مشكلی مواجه شده كه در اكثر سازمانهای علوم طبيعی رايج است. اين كانون معمولا از پروژه های جديدی استفاده می كند كه به رشد سريعی نياز دارد. در حاليكه بعضی از پروژه ها به ظرفيت HPC بيشتری نياز دارند و بعضی ديگر بايد به اندازه قبلی و كوچك خود برگردند.

يك راه حل با وجود هزينه بالای آن، استفاده از ظرفيت بالای HPC است كه مناسب اين پروژه های جديد می باشد. Richard Kahn مقام مسئول ADA می گويد اجاره زمانی اين ابر كامپيوتر صدها هزار دلار هزينه دارد.

ADA به يك سرويس on-demand رو آورد كه محصول مشترك Gateway و United Devices بود و منابع HPC موجود را ضميمه می كرد.

شما می‌توانيد هزينه اين سرويس را هنگام ايجاد آن بدهيد نه از قبل. بهای اوليه آن 1000 دلار است و سپس ADA برای هر گيگاهرتز در ساعت بابت اجرای برنامه های كاربردی، 30 سنت در نظر می گيرد. بنابراين بهای عمل شبيه سازی روی 1000 كامپيوتر يك گيگاهرتزی به مدت 6 ساعت، 1800 دلار است.

اين سرويس on-demand برای اجرای نرم افزار Archimedes  نيز بكار می رود كه ADA كمك می كند تا برنامه ها و معالجات بالينی را بررسی و تحليل نموده و رهنمودهای مراقبت بالينی را توسعه دهد. نرم افزار Archimedes  عواملی مثل تاثير تغييرات كوچك در زندگی روی ديسك عوارض بيماری ديابت و يا اينكه چطور با كاهش ميزان قند خون ميزان حمله قلبی نيز كاهش می يابد، را الگو قرار می دهد.

اتاقی كوچك همراه با اعضای كوچك

دو سال پيش موسسه Wellcome Trust Sanger در نزديكی كمبريج انگلستان به سرعت به نقاط عطفی دست يافت كه توسط سازمانهای تحقيقات بيومديكال تجربه شده بود. نيازهای كامپيوتری برای توضيح و تحليل رشته ژنها با وجود يك رشته اطلاعات كامل يا ناقص درباره ژنوم ( كروموزومها) انسان، بسرعت در حال تغيير بود.

در همين زمان، Phil Bitcher رئيس سيستمهای Sanger گفت، هر چه تاكيد ها به آگاهی از نحوه كار كروموزومها و اينكه چطور ژنها بيماری را می شناسند بيشتر می شود، ما به عرصه كامپيوتری پيچيده تری وارد می شويم.

علاوه بر اين چالش، Sanger از محدوديتهای فضايی در مركز داده خود و همچنين اعضای IT كوچكی برخوردار بود.

James Cuff رهبر گروه Informatics Systems Group در Sanger می گويد، ما بدنبال يك محصول با چگالی‍ بالا هستيم كه مناسب مقدار فضای كوچك ما بوده و ظرفيت محاسبه بالايی داشته باشد و علاوه بر آن بدون استفاده از اعضای IT كمكی قابل كنترل باشد.

Sanger مجموعه سيستمهای 168i RLX ServerBlack 800i شركت RLX Technological را انتخاب كرد كه روی شاسيهای 32i  RLX 300ex نصب شده اند و در مورد فضا نيز دو rack سيستم  RLX می توانند كار در توالی قرار دادن را انجام دهند كه در گذشته برای انجام اين كار  نه rack سرور نياز بوده است.

مسئله تعيين اعضا نيز همچنان مطرح بود. با وجود برنامه های مديريتی RLX (مثل نرم افزار Control Tower شركت RTX) به حدود 1.5 كارمند تمام وقت برای كنترل يك سيستم دارای 1000 گره نياز بود.

نيروی توزيع شده

NSF TGRAGRIF- اينتل، آی بی ام، اوراكل، Quest، Myricon، سان مايكروسيستمز و هيولت پاكارد

موسسه علوم ملی اكنون روی يك سيستم كامپيوتری توزيعی به نام Extensible Terascale Facility سرمايه گذاری می كند كه نام كوتاهتر آن TeraGrid می باشد. Rob Pennington مدير موقتی در موسسه علوم ملی مخصوص SuperComputing Applications (برنامه های ابر كامپيوتری) می گويد، TeraGrid مفهوم جديدی است و تاكنون هيچ سيستم كامپيوتری توزيعی به اندازه و وسعت آن وجود نداشته است.

اعضای TeraGrid شامل چندين آزمايشگاه ملی و مراكز اصلی ابر كامپيوترها در ايالت متحده است كه با لينكهای 30 و 40  گيگابايت در ثانيه به محور شبكه متصل شده اند.

شركای اصلی تكنولوژی پروژه TeraGrid  را اينتل، آی بی ام، اوراكل، Qwest، Myricom و سان ميكروسيستمز تشكيل می دهند.

پيش بينی می شود كه TeraGrid حدود بيست teraFLOPs نيروی كامپيوتری داشته باشد و شامل مجموعه ای با بيش از 800 پردازنده ايتانيوم 64 بيتی می باشد كه برنامه لينوكس و AlphaServer SC سه هزار پردازنده ای هيولت پاكارد را اجرا می كنند. وقتی اين سيستم كامل شود و براه افتد، الگوريتمهای جمع كننده پروتئين نيز برای اجرا روی اين مجموعه لينوكس 64 بيتی آماده می شوند.

و يك پروژه TeraGrid بنام teraGyroid نيز در كنفرانس ابر كامپيوترهای SC 2003 عنوان بهترين و جديدترين برنامه حاوی داده فشرده و كامل را در HPC challenge بدست آورد. اين پروژه از چند قابليت و ويژگی در شش مركز ابر كامپيوتر جهان جهت شبيه سازی ظاهر مواردی به نام Gyroid ها استفاده می كند كه دارای برنامه های كنترل شده ای برار عرضه دارو و بيوسنسورها هستند.

كامپيوترهای يكپارچه

Navartis در جستجوی خود برای نيروی پردازش اضافی، از يك شبكه  داخلی استفاده كرد كه چرخه های اضافی CPU را در كامپيوترهای دسك تاپ مهار می كند. سال گذشته در نرم افزار Grid MP Enterprise شركت United Devices از يك برنامه آزمايشی و مقدماتی برای اتصال 2700 كامپيوتر به يكديگر استفاده می شد. اين شبكه كامپيوتر دارای يك نيروی پردازشی معادل پنج teraFLOPs f,n بود كه بعد از يك هفته عملكرد، وجود يك مانع ناشناخته در اين چرخه سلولی را در كتابخانه فارما نشان داد. موفقيت اين برنامه مقدماتی، Novartis را بر آن داشت تا از تكنولوژی شبكه ای در همه كامپيوترهای اداری سراسر جهان استفاده كند و قبل از انجام اينكار، شركت روی يك پروژه استاندارد سازی دسك تاپ به منظور ساده كردن برنامه های مديريت و عمليات سيستم، كار كند. به همين منظور شركت 65000 كامپيوتر دسك تاپ خود را به كامپيوترهای مبتنی بر پنتيوم 4 هيولت پاكارد كه برنامه ويندوز XP را اجرا می كنند، ارتقا می‌دهد. استاندارد سازی يك عامل مهم در استفاده بهينه و موفق از شبكه است.

manuel Pertsch رئيس علم مديريت و انفورماتيك در بخش تحقيقات Novartis واقع در كمبريج ماساچوست می گويد، اگر اين روش روی 10 دسك تاپ جواب دهد، روی 100 يا حتی 1000 دسك تاپ نيز كار خواهد كرد.

شبكه اكنون در حال اجرای برنامه های انفورماتيك مثل BLAST، donking با ظرفيت پذيرش بالا و نمايش برنامه های شبيه سازی است. Novartis همچنين روی كاربرد شبكه برای استخراج متن و علم استخراج برنامه های كاربردی مطالعه كنيد.

Bang for Back

سال گذشته، بيمارستان تحقييقاتی  ST Jude Children يك سيستم كامپيوتر تحقيقاتی جديد را به مناقصه گذاشت. Clayton Naeve، مسئول تحقيق اطلاعات و مدير بيو انفورماتيك  و بيو تكنولوژی مركز ST Jude Hartwell می گويد، هدف ما كسب موفقيت، عليرغم محدوديت فضا بود.

آی بی ام موفق به بستن قرارداد برای يك سيستم eServer BladeCenter  شد كه شامل 280 سرور در تنها دو rack مخصوص است.

Naeve می گويد، ST.Jude علاقه چندانی به سرورهای blade ندارد و بيمارستان فقط سيستمی را می خواست كه بتواند نيازهای آنرا تامين نمايد و سيستم مبتنی بر blade نيز برای تامين خواسته بيمارستان در راستای ايجاد فضای بيشتر بوجود آمده است.

Naeve می گويد، اين سيستم همچنين بزرگترين معيار bang for the buck را ايجاد نمود. 5 فروشنده اين سيستم در اين مناقصه شركت كردند ولی آی بی ام قيمتی را پيشنهاد كرد كه ما نتوانستيم از آن چشم بپوشيم. اين دستگاه دارای 600 گيگا FLOPs بود. (600 بيليون عمليات شناور در ثانيه) كه در بين 500 ابر كامپيوتر برتر در رده 251 قرار گرفت، قبلا، مركز Hartwell از يك AllphaServer هيولت پاكارد 10 پردازنده ای و يك SGI Onyx2 شانزده پردازنده ای برای تحقيقات خود استفاده می كرد. St.Jude اكنون از يك نيروی پردازش سيستم جديد برای سرعت بخشيدن به تحقيق خود در استراتژيهای پيشگيری از بيماری و گزينه های درمانی جديد برای بيماريهای سخت و فاجعه آميز دوران كودكی مثل سرطان، اختلالات ژنتيكی و شيمی ايمنی استفاده خواهد كرد.

برای مثال، St Jude قصد دارد از سيستم جديدی برای مطالعه حركت مولكولهای آنزيم استفاده كند و بوسيله آن به نحوه كار پروتئينها و تغيير جهشها پی ببرد.

Naeve می گويد، آنزيمها سرعت واكنشهای بيوشيمی را در بدن كنترل می كنند و علت بسياری از بيماريها نقص در كار آنزيمها است.

پروژه ديگری كه از اين سيستم جديد بهره مند می شود، مطالعه پروتئين P27 نابود كننده تومور است. كامپيوترهای حرفه ای در اين زمينه، به 200 ساعت زمان نياز دارند در حاليكه اين سيستم جديد همين كار را در 20 ساعت انجام می دهد. سومين پروژه مهم ديگر برنامه نمايش داروی مجازی است كه در آن محققان St Jude در حال ارزيابی 6 ميليون مولكول برای يافتن مولكولهای مناسبی هستند كه می‌توانند جلوی تقسيم سلول و همينطور انواع سرطان را در بين ساير بيماريها بگيرند.

Naeve می گويد اين سيستم حد وسيعی از الگوريتمهای بيو انفورماتيك از جمله Amber ،BLAST ،BLAT و HMMer را اجرا می كند. او می گويد اين سيستم برای تحقيقات نوين نيز كارآيی دارد. وی می گويد، اين سيستم امكان مطالعاتی را فراهم می سازد كه تاكنون ميسر نبوده است. ما می توانيم دستاوردهايی را ايجاد كنيم كه پيش از اين وجود نداشته است.